Dieser Artikel behandelt die Zerstörung der Zwölf Kolonien in der neuen Serie. Für Informationen über den Fall der Zwölf Kolonien in der Originalserie, siehe Battle of Cimtar.
Nachdem Dr. Gaius Baltars Navigationsprogramm auf allen Schiffen der Kolonialflotte installiert wurde, kehren die Zylonen nach 40 Jahren wieder zurück. Die Hintertüren im CNP ermöglichten es den Zylonen die betroffenen Schiffe weitgehend problemlos unter Kontrolle zu bekommen oder zumindest lahm zu legen. Selbst die Viper verfügten über das Programm und waren dementsprechend einfach zu besiegen. Auf diese Weise schafften es die Zylonen das gesamte koloniale Verteidigungsnetzwerk lahm zu legen ohne auch nur einen einzigen Schuss abzufeuern. Alle großen Kampfschiffe erlitten eine abnormal hohe Zahl an Fehlfunktionen, bis hin zu kompletten Stromausfällen. Die Infiltration der kolonialen Systeme, zusammen mit dem überwältigenden Überraschungseffekt, ermöglichte es den Zylonen die Kolonialflotte mit nut minimalen Velusten zu vernichten und die Zwölf Kolonien zu verwüsten.
Das Flottenhauptquartier auf Picon wird schon in den ersten Minuten des Angriffs zerstört, ebenso 30 Kampfsterne, laut Kara Thrace "ein Viertel der Flotte". Daraufhin übernimmt Admiral Nagala an Bord des Kampfsterns Atlantia das Kommando über die Kolonialflotte. Einer Meldung Lieutenant Felix Gaetas zufolge werden alle militärischen Schiffe zur Organisation eines Gegenangriffes im Orbit über Virgon beordert, als sich die Galactica auf eventuell eintreffende gegnerische Einheiten vorbereitet.
Der Kampfstern Galactica ist das einzige Schiff der Kolonialflotte, das nicht für den Virus anfällig ist, da sie über keinerlei Computernetzwerke verfügt. Ihre Technik stammt größtenteils noch aus der Zeit des Ersten Zylonenkrieges, da die Zylonen schon damals die Fähigkeit demonstrierten, koloniale Computersysteme zu infiltrieren und für sich zu nutzen. Trotz der Weiterentwicklung kolonialer Technologie und des langen Friedens, bestand Commander Adama darauf, die Galactica nicht mit neuen Systemen auszurüsten. In einem ersten Einsatz gegen die Zylonen verliert die Galactica ihr Geschwader aus Viper Mark VII aufgrund deren Verwundbarkeit gegen Infiltration an nur zwei zylonische Jäger. Allerdings verfügt die Galactica auch noch über 40 Viper Mark II, die Bestandteil des Museums in der Steuerbordlandebucht sind. Die Viper Mark II sind zwar alt, aber dafür äußerst robust und vor allem nicht mit dem neuen CNP ausgerüstet, wodurch sie auch nicht anfällig für zylonische Infiltrationsversuche sind. Wiederbewaffnet sind sie damit in der Lage mehrere Geschwader zylonischer Jäger abzuwehren. Die Galactica selbst übersteht sogar einen direkten Treffer einer taktischen Kernwaffe der Zylonen in die Backbordgondel, verliert dabei aber 85 Besatzungsmitglieder.
Kurz nachdem bekannt wird, das der Kampfstern Atlantia, sowie viele weitere Kampfsterne, in den Kämpfen verloren gegangen sind, übernimmt Commander Adama das Kommando über die verbliebene Kolonialflotte und beordert sie zur Ragnar-Anlegestelle um einen Gegenangriff vorzubereiten. Da die Station auch ein Munitionsdepot ist, kann sich die Galactica dort neu bewaffnen und ihre Magazine neu auffüllen.
Die Zylonen bombardieren derweil die Bevölkerungszentren der Zwölf Kolonien mit Atomwaffen. Nach der Zerstörung Picons bietet die Kolonialregierung eine bedingungslose Kapitulation an, die aber von den Zylonen ignoriert wird. Als Präsident Richard Adar, sowie das gesamte Regierungskabinett, ausgenommen Bildungsministerin Laura Roslin, als tot oder vermisst gelten, wird automatisch Stufe Orange ausgerufen, um das Fortbestehen einer funktionierenden Regierung zu gewährleisten. Da offenbar nur Roslin in der Lage ist auf das Signal zu antworten, wird sie wenig später an Bord des Kolonial Transporter 798 zur neuen Präsidentin der Zwölf Kolonien vereidigt. Da mit Beginn des Angriffs ein Flugverbot für sämtliche zivile Schiffe ausgesprochen wurde, beginnt Roslin nun damit gestrandete zivile und militärische Schiffe zu suchen und in einem Konvoy zu versammeln. Als dieser Konvoy aber von den Zylonen entdeckt wird, müssen mehrere Schiffe ohne Überlichtfähigkeit zurückgelassen werden, woraufhin diese dann von den Zylonen zerstört werden. Die entkommenen Schiffe stoßen später zur Galactica an der Ragnar-Anlegestelle.
Der Kampfstern Pegasus unter dem Kommando von Admiral Helena Cain kann ebenfalls der Zerstörung entkommen, indem sie einen blinden Sprung durchführt. Die Pegasus befand sich zu der Zeit in der Werft der Skorpionflotte, wo sie überholt werden sollte. Daher waren auch die meisten Computer an Bord abgeschaltet, mit Ausnahme des Navigationsrechners, wodurch der Sprung möglich war. Durch die Verwirrung des Krieges und ihre überstürzte Flucht bleibt der Pegasus das Überleben der Galactica bis auf weiteres unbekannt und führt weiterhin Angriffe auf zylonische Kräfte durch, als auch sie die Kolonien verläßt. Ebenso weiß auch die Galactica lange Zeit nichts über das Überleben der Pegasus.