Das Flottenhauptquartier ist das Planungs-, Befehls- und Koordinationszentrum der Kolonialflotte. Es befindet sich auf Picon.
Schon während der ersten Welle des zylonischen Angriffs wurde es zerstört, als Picon schweren Bombardements ausgesetzt war (Miniserie). Nach der Zerstörung des Flottenhauptquartiers übernahm Admiral Nagala an Bord der Atlantia (RDM) das Kommando über die Kolonialflotte.