Als die Box wird der Speicher bezeichnet, in dem das Bewusstsein eines humanoiden Zylons geladen wird, wenn die Auferstehung absichtlich unterbrochen wird: Das Bewußtsein wird nicht in den neuen Körper übertragen, sondern verbleibt auf unbestimmte Zeit in dieser Speicherbox, vergleichbar einem Hauptspeicherauszug; der Zylon kann dabei bei Bewußtsein sein, um den Grund für diese drastische Maßnahme zu erfahren; anschließend wird der neue Körper deaktiviert. Die Maßnahme ist reversibel.
Ein Zylon kommt in die Box, wenn er oder sie für gefährlich instabil befunden wird, z.B. wenn das Gedächtnis eines humanoiden Zylons durch zu intensiven Kontakt mit Menschen als "verschmutzt" erscheint oder wenn ein Schläfer psychisch aus dem Gleichgewicht gerät, weil er sich mit seiner zylonischen Natur nicht anfreunden kann.
Da "die Box" die drastischste Strafmaßnahme für Zylonen ist, wird sie selten verhängt; erstmals wird dies für Galactica-Sharon erwogen (die nach ihrem Download wieder in ihrer alten Wohnung wohnen und weiterhin Sharon heißen will) sowie für Caprica-Sechs, weil man sich bezüglich ihrer Gefühle für Gaius Baltar unsicher ist. Letztlich verhängt wird sie aber erst in "Die Supernova", und zwar gleich gegen alle Exemplare der Nummer Drei, die sich für auserwählt hält und eine verdächtige Leidenschaft für die Final Five zeigt.