Die Fünfte Flotte stand unter dem Kommando von Commander Cain. Das Flaggschiff der Flotte war der Kampfstern Pegasus.
Die Fünfte Flotte wird einige Zeit vor der Schlacht bei Cimtar durch einen Hinterhalt der Zylonen in der Schlacht von Molecay zerstört.
Auch die Pegasus gilt als verloren, trifft sich aber später mit der Flotte in der Nähe von Gomorra (Zu Lebzeiten Legende, Teil I).